Trotz der spektakulären Ausblicke lohnt es sich, den Blick gelegentlich nach unten zu richten. Die Böden spielen eine extrem wichtige Rolle für das Ökosystem. Viele der Prozesse, die sich in Böden abspielen, werden von Mikroorganismen wie Pilze und Bakterien maßgeblich beeinflusst. Sie zersetzen pflanzliches Material und arbeiten die darin enthaltenen Nährstoffe auf. So machen sie sie für andere Pflanzen wieder verfügbar. Dies ist in den nähstoffarmen Böden des Amazonas Regenwals ihr wichtigste Nährstoffquelle. Außerdem wandeln Mikroorganismen den Kohlenstoff in organischen Bodenkohlenstoff und kohlenstoffhaltige Minerale um und fixieren ihn so über lange Zeit. Mehr als die Hälfe des im Amazonas gespeicherten Kohlenstoffs ist daher in den Böden gespeichert.

Durch die außerordentliche Vielfalt dieser winzigen Lebewesen sind auch die chemischen Prozesse extrem divers. Die Artengemeinschaften schwanken stark von Standort zu Standort, aber auch im Jahresverlauf. Die Forschenden untersuchen beispielsweise welchen Einfluss Dürren auf die Stoffwechselprozesse im Boden und auf das Recycling von Nähstoffen haben. Erste Ergebnisse deuten darauf hin, dass extreme Trockenheit dazu führt, dass lebenswichtige Nährstoffe wie Phosphor, Stickstoff und Schwefel knapp werden. Dies kann weitreichende Folgen für die Pflanzen haben, die dann gleichzeitig mit Wasser- und Nährstoffarmut klarkommen müssen.